1. Exención del pago de aranceles de las mercancías extranjeras que ingresen a dichas zonas, para el cumplimiento de los procesos autorizados, tanto para administradores como operadores.
  2. Transferencia e importaciones con tarifa cero del IVA siempre que los bienes importados sean destinados exclusivamente a la zona autorizada o incorporados en alguno de los procesos de transformación productiva allí desarrollados (literal e del numeral 9 de la disposición reformatoria 2da del COPCI. Art. 55 LORTI).
  3. Crédito tributario por el IVA pagado en la compra de materias primas, insumos y servicios provenientes del territorio nacional, que se incorporen al proceso productivo de las ZEDE (Disposición reformatoria 2da del COPCI Art. 57 LORTI).
  4. Exoneración del ISD sobre los pagos realizados al exterior, tanto por concepto de importaciones de bienes y servicios relacionados con la actividad autorizada, así como para la amortización de capital e intereses generados sobre créditos otorgados por instituciones financieras internacionales, con un plazo mayor a un año, para el desarrollo de sus inversiones en el Ecuador. La tasa de interés  de dichas operaciones deberá ser inferior a la tasa de interés activa referencial a la fecha del registro del crédito (Disposición reformatoria 3ra del COPCI. Art. 159 Ley Reformatoria para la Equidad Tributaria).
  5. Rebaja adicional de cinco puntos porcentuales en la tarifa del Impuesto a la Renta (Disposición reformatoria 2da. Del COPCI, Art. Enumerado a continuación del Art. 37 LORTI).